Meie peaeesmärk on kasvada kooliks, kus kõik (nii õpilased kui õpetajad) saavad tulemuslikult õppida ja kus uut õpikäsitust rakendatakse iga õppija heaks.  Arengukavast tulenevalt on visualiseeritud Puhja Kooli väärtused, arendussuunad ja fookusteemad:

Õppides õnnelikuks!

Puhja hariduselu sai alguse 1686. aastal, mil kirikuõpetaja Adrian Virginiuse palvel saadeti üks Forseliuse seminari kasvandik Puhja lapsi õpetama. Kahe aastaga oli 48 õpilast lugemisoskuse omandanud, poiste kõrval mõned tüdrukudki. 1836. aastal loodi Puhjas kihelkonnakool.

18. sajandi alguses õpetas Puhja lastele koolitarkust Käsu Hans, esimene teadaolev eesti rahvusest luuletaja. 19. sajandi lõpus on õpetajatena siin töötanud Aleksander Läte ja Gustav Wulff-Õis.

Vabariigi algusaastatel avati Puhjas 4-klassiline algkool, mis 1928. aastal muudeti 6-klassiliseks algkooliks. 1937. aastal valmis uus koolimaja. 1940. aastal sai Puhja 7- klassilise Mittetäieliku Keskkooli. 1956. aastal avati Puhja Keskkool. 1976.aastal valmis kooli 4–korruseline juurdeehitus. 1997.aasta kevadel toimus Puhja Keskkooli ümbernimetamine Puhja Gümnaasiumiks. Alates 2017. aastast tegutseb Puhja Kool põhikoolina.

Praeguseks 333-aastane koolilugu räägib paljudest kooli ühismällu jäänud koolijuhtidest: Friedrich Kerstens, Emil Kerstens, Arnold Friedrich Rossmann, Rudolf Purna (30 aastat koolijuhina), Valter Puidak (20 aastat), August Kirsipuu (keskkooli esimene direktor, oma ametis 23 aastat), Heikki Rokka (gümnaasiumi esimene direktor, 18 aastat direktorina).